Vers la fin du deuxième siècle l’église copte a énormément grandi : elle s’étend maintenant au-delà d’Alexandrie et se retrouve dans toutes les régions de l’Egypte jusqu’aux oasis du désert. Elle possède près de 40 diocèses. Elle commence à entretenir de nombreux contacts avec les églises voisines. Mais la croissance du christianisme à cette époque, sa vitalité se mesure aussi à la persécution qu’il a eu à encourir. En effet les empereurs romains, soucieux de préserver l’unité idéologique de l’empire au travers du culte rendu à leur personne, ne pouvaient rester indifférents à la montée en puissance du christianisme. C’est pour cela que commença une lutte contre les chrétiens, c’est en 202 que Septime Sévère ouvrit les hostilités en promulguant l’édit d’interdiction du christianisme. Une persécution se mit en place et de nombreux martyres eurent lieu, l’école d’Alexandrie (école chrétienne) fut fermée et son doyen, saint Clément, contraint de fuir.
Une nouvelle persécution beaucoup plus violente eut lieu en 250, ordonnée par Dèce et imposa au Pape Dionesius d’Alexandrie de fuir au désert. Ce fut ensuite à Valérien de persécuter les chrétiens en 257, le Pape Dionesius fut cette fois contraint d’aller en Libye où il annonça l’Evangile. C’est ainsi que la persécution favorisait l’expansion de la foi nouvelle. La Petite Paix de l’Eglise eut lieu en 259, grâce à Gallien qui mit en place l’édit de tolérance, ce qui permit à l’Eglise de bénéficier d’un répit qui vit alors l’évangélisation progresser à grands pas et atteignant le sud de l’Egypte...
Mais cette paix prit fin avec l’arrivée de Dioclétien qui commença sa persécution des chrétiens en limogeant de l’armée tout soldat qui ne voulait pas rendre un culte aux idoles romaines. Mais c’est en 303-304, avec la publication de ses 4 édits de persécution à l’encontre de toute la chrétienté d’orient que l’empereur romain amena une véritable ère de martyre sur tout le pays d’Egypte. Près de 800 000 Enfants, Femmes et Hommes furent martyrisés en Egypte. L’Eglise d’Egypte fut à ce point meurtrie que, plus tard, elle choisit le début du règne du tyran (284) comme l’année initiale de son nouveau calendrier dit « le calendrier des martyrs ». Le souvenir de ces hommes et femmes morts pour leur foi imprègne, encore aujourd’hui, très profondément la spiritualité et l’identité copte.
Durant ces vagues de martyres, plusieurs chefs spirituels fortifiaient les martyrs, les aidaient dans leur missions, les soutenaient en prison, leur procès et même sur les lieux des exécutions. Beaucoup de témoins oculaires réécrivirent l’histoire de ces Saints Martyrs afin de perpétuer à jamais leur mémoire. Après ces persécutions la foi n’en est ressortie que grandie. La politique bienveillante des empereurs romains envers le christianisme va faciliter la conversion en masse du peuple égyptien.
C’est à Alexandrie que prend naissance la première controverse qui va secouer toute l’Eglise à propos du mystère du Christ, Verbe de Dieu incarné. Vers 318-323 un prêtre nommé Arius, exposa une théologie insistante, dans la Trinité, sur la spécificité du Père seul « non engendré » et « non devenu ». Par là, il dévalorisait la personne du Fils, qui ne pouvait être coéternel au Père mais créé directement par lui. On en arrivait rapidement à nier que le Fils, fut véritablement Dieu. En 324, évêques égyptiens et libyens réunis en concile excommunièrent Arius. Mais celui-ci avait fait des émules en Asie et devant l’agitation causée par cette affaire, l’empereur Constantin convoqua un concile œcuménique à Nicée en 325.
Lors du Concile d’Ephèse en 431, le Pape Cyrille condamna et exila le patriarche de Constantinople Nestorius, qui refusait à la Vierge Marie l’épithète de Théotokos qui signifie « Mère de Dieu ». Car en effet selon Saint Cyrille le grand si Jésus est Dieu, alors sans nul doute Marie est Mère de Dieu, car le Christ est un, on ne peut séparer en Lui l’humanité de la divinité, sans que pour autant celles-ci soient confondues.
Quelques années plus tard, à Constantinople, le moine Eutychès développa, de façon confuse et erronée, la position de Saint Cyrille en insistant à ce point sur l’unité de Christ qu’il semblait que l’humanité eut été absorbée par la divinité. Il niait ainsi la nature humaine du Christ en disant que son corps n’était qu’un corps éthéré qui passa à travers le sein de la Sainte Vierge Marie.
Un concile local de sept évêques fut réuni, présidé par Flavien de Constantinople, qui condamna Eutychès en tant qu’hérétique. Mais le pape Dioscoros d’Alexandrie, ressenti ce jugement comme une condamnation de la christologie de saint Cyrille le grand et avec l’appui de l’empereur Théodose II organisa en août 449 un autre concile à Ephèse espérant clarifier la situation. Eutychès se soumit à une pleine confession écrite dans laquelle il affirmait le Credo de Nicée. Il fut alors déclaré orthodoxe et fut acquitté. A l’inverse les évêques qui avaient condamné Eutychès, se basant sur le Tome de Léon furent excommuniés.
Le Pape Dioscoros interprétait la formule de Saint Cyrille « Une seule physis (nature concrète individuelle) du Verbe de Dieu incarné » sans nier aucunement l’humanité du Christ, mais cette façon de voir était incompréhensible pour Constantinople comme pour le pape Léon de Rome qui a parlé dans son Tome de « deux physis (natures), humaine et divine, dans le Verbe incarné, c'est-à-dire de deux nature en tant que telles, essentielles » mais il avait fait abstraction au sujet en lequel elles étaient unies. En réalité, ce que l’on entendait à Alexandrie par physis ne correspondait pas à ce que l’on mettait derrière le même mot à Constantinople ou derrière le mot latin « natura » à Rome.
Cependant quelque temps plus tard, Eutychès proclama à nouveau son hérésie et fut à nouveau condamné et excommunié par un concile copte local. Deux ans plus tard, en 451, un autre concile fut réuni par l’empereur Marcien à Chalcédoine. Ce concile fut marqué par de grands enjeux politiques, des préjudices honteux, des conspirations contre l’église d’Alexandrie et contre son Pape, Dioscoros.
En effet lors de ce concile l’église copte fut calomniée et ses enseignements considérés à tort comme étant eutychiens. Le Patriarche d’Alexandrie fut accusé d’être eutychien car il avait présidé le deuxième concile d’Ephèse qui avait absout Eutychès. Or un concile copte condamna Eutychès et ses enseignements ultérieurement, alors comment pouvait il être considéré comme eutychien ?
L’Orthodoxie du Pape Dioscoros fut prouvée lorsque pour défendre sa Foi orthodoxe, il donna cette célèbre analogie : « Si une pièce de fer, chauffée à blanc, est frappée sur l’enclume, alors même que le fer et la chaleur forment un tout indivisible, c’est le fer qui reçoit les coups et non la chaleur blanche. Cette unité du fer et de la chaleur blanche est symbolique de l’Incarnation de Notre Seigneur, dont la Divinité n’a jamais été séparée de Son Humanité, un seul instant ni l’espace d’un battement de cil. Pourtant, si Sa Divinité n’a pas été séparée de Son Humanité, leur union se produisit sans mélange, sans fusion et sans changement, comme l’union du fer et de la chaleur blanche. Cette unité est définie comme « l’Unique Nature de Dieu le Logos Incarné » comme disait avant lui Saint Cyrille le Grand et elle est synonyme de la parole de saint Jean qui dit : « Le Verbe s’est fait chair ». « Quant à moi, je maintiens fermement la Foi de l’Eglise Orthodoxe, Une, Sainte, Universelle et Apostolique. Ni Eutychès, ni aucune autres personnes ne pourront me détourner de cette sainte Foi ».
Quand l’orthodoxie du Pape Dioscoros ne pouvait plus être remise en cause, d’autres accusations furent érigées se concentrant autour de question matérielles, comme l’interdiction d’envoyer le blé égyptien à d’autres parties de l’Empire. Ni le Pape Dioscoros, ni les juges civils n’étaient présents lorsque le Concile émit le verdict déposant le Pape Dioscoros, notamment pour avoir excommunié l’évêque de Rome et pour n’avoir pas assisté à la session du Concile dès lors qu’il fut convoqué trois fois, tout en étant arrêté à domicile…
L’Eglise égyptienne fut étiquetée « monophysite » assumant à tort son acceptation de l’hérésie eutychienne et encore aujourd’hui on retrouve ce terme pour qualifier l’Eglise Copte… Pourtant les faits historiques, la liturgie et les doctrines de l’Eglise Copte prouvent l’Orthodoxie de l’Eglise copte jusqu'à aujourd’hui.
En fait, à trop vouloir sonder le mystère de Jésus, le Christ, vrai Dieu et vrai homme, à une époque ou la terminologie théologique n’était pas encore unanimement définie, les Eglises furent victimes d’un dramatique quiproquo, aggravé par des dissensions politiques et culturelles. Tous partageaient la même foi dans le même Christ mais ils ne le savaient pas.
Aujourd’hui il est admis par ceux-là même qui ont condamné l’Eglise Copte d’être monophysite qu’il s’agissait d’un malentendu provenant d’un problème de sémantique. Une déclaration commune à d’ailleurs était faite entre l’église copte et l’église catholique en 1988 : « Nous croyons que notre Seigneur Dieu et Sauveur Jésus-Christ, le Verbe (Logos) Incarné, est parfait dans sa Divinité et parfait dans son humanité. Il a uni sa Divinité et son humanité en une Nature sans confusion, sans mélange et sans changement, un seul moment ni l’espace d’un battement de cil. En même temps, nous faisons l’anathème de la doctrine et des enseignements aussi bien de Nestor que d’Eutychès »
Cependant le mal avait été fait et l’Eglise Copte n’étant pas présente au moment du verdict du concile de Chalcédoine n’en a pas accepté son contenu, l’Eglise Copte est considérée comme non-chalcédonienne ou pré-chalcédonienne. Ce qui lui valut de subir les nombreuses répressions des empereurs chalcédoniens.
Le Pape Dioscoros fut exilé en Asie Mineure où il continua de propager la Foi avant de mourir en 457. L’empereur décida d’imposer un pape sur le siège d’Alexandrie, seulement celui-ci ne fut pas accepté par le peuple, qui porta sur le siège épiscopal Timothée Elure.
La répression impériale, alors en place, contre l’Eglise égyptienne dissidente fit place, à partir de 482, à une politique d’apaisement, le patriarche Pierre Monge (477-489) ayant accepté un compromis avec l’empereur Zénon. Mais en 518, l’avènement de l’empereur Justin allait mettre fin à cette période de conciliation : la persécution de l’église copte continua, contraignant les patriarches coptes à s’exiler, à l’exemple de Saint Sévère patriarche d’Antioche qui s’exila jusqu'à sa mort en 538 où il rédigea des œuvres expliquant la pensée de Saint Cyrille le Grand.
En 527 l’empereur Justinien arriva au pouvoir et pratiqua une politique extrêmement répressive en vers l’église non-chalcédonienne, il alla jusqu'à fermer toutes les églises y plaçant des gardes, forçant ainsi le patriarche à s’exiler. C’est en 578 que le patriarche Damien d’origine syrienne, réussit à ramener la concorde dans l’Eglise égyptienne alors en pleine crise, il parvint à reconstituer la hiérarchie de l’église, alors affaiblie. Son successeur Anastase (605) parvient à rétablir un contact avec l’Eglise sœur de Syrie non-chalcédonienne.
En 618 l’Egypte se fait envahir par le Roi de Perse Khostrow II, période favorable aux non-chalcédoniens qui dans ce régime sont favorisés. Mais à la reconquête de l’Egypte par l’empereur byzantin Héraclius en 629, il y nomme encore un patriarche étranger forçant ainsi le patriarche Benjamin, alors en place, à s’exiler.